ISMS取得できない場合がありますか？

途中で断念しない限り、取得できるものです。
受験のように、合格、不合格のイチゼロではないからです。

例えば、自動車免許教習所での卒業を思い出してください。
教習所での教習をクリアすれば、1回で卒業検定が受かるかどうかは個人差がありますが、最終的に卒業できないという話は聞きませんね。
免許を取りたいというモチベーションから教習所に通っている訳なので、ある程度時間がかかったとしても卒業できますね。
教習所が当社のようなコンサルティング会社と思ってください。
適切なコンサルティング会社であれば、きちんとしたメソッドでお客様を取得まで導きます。

ただし、コンサルティング会社を使わず、自社のみで申請した事業者が審査で沢山の不適合をもらいすぎて、途中で断念してしまったという話はよく聞きます。
※自動車免許の例だと教習所に通わず、運転免許センターで「一発試験」にチャレンジするようなものです。
適切なコンサルティング会社に支援してもらえれば、このような状況になることはまずありません。